Descasque as cenouras e a beterraba e corte em cubos médios.
Aqueça uma frigideira com azeite de oliva, coloque a cebola e refogue até ficar transparente, adicione o alho, a cenoura e a beterraba, refogue rapidamente.
Acrescente a água, o louro, o orégano, o vinagre, o shoyu, um pouco de sal, o manjericão e tampe a panela.
Cozinhe em fogo baixo até que a cenoura e a beterraba estejam macias, leva aproximadamente 30 minutos. Se necessário acrescente mais água.
Bata a mistura no liquidificador ou processador até obter um molho encorpado.
Coloque o molho em uma panela, volte ao fogo por 5 minutos, ajuste o sal, coloque a noz-moscada e pronto.
Na hora de servir a massa, rasgue o restante do manjericão e misture com o molho.